कागुनो बालीमा पनि रोग र कीराले उल्लेख्य क्षति पुऱ्याउँछन् तर किसानहरुले रोगकीराको व्यवस्थापनमा त्यति ध्यान दिएको पाइन्न । कागुनो बालीमा लाग्ने मुख्य मुख्य रोग तथा कीराहरु, पहिचान वा क्षतिको लक्षण र तिनको व्यवस्थापनका उपायहरू निम्नानुसार दिइएको छः
कालो पोके (Loose smut)
कालोपोके एक ढुसीजन्य रोग होजुन अस्टिलागो क्रामेरी भन्ने ढुसीको कारणले लाग्दछ । यो रोगका जीवाणु बीउको बाहिरी सतहमा टाँसिएर बसेका हुन्छन् र बीउ उसँदा सँगसँगै बोट भित्र प्रवेश गरी फूल फुलेपछि रोगका लक्षण बालामा प्रकट हुन्छन् । रोगग्रस्त बिरूवाको वृद्धि कम हुन्छ । यस ढुसीले बालाका अधिकांश दानामा प्रभावित गर्छ र बाला कालो धुलो पाउडरको पोकोले भरिएको हुन्छ । बाली परिपक्व हुने बेलामा कालो पोका फुट्छन् र हावाको सहायताले टाढा टाढासम्म पनि फैलिन्छन् । यो रोगको व्यवस्थापनको लागि वीजाणुहरू माटोमा बाँच्न सक्ने भएकोले घुम्ती बाली प्रणाली अपनाउने, रोग देखिएमा धुलो नझर्दै रोगी बोटहरू उखेलेर खाडल खनी गाडिदिने वा जलाउने, रोगी बोटहरू पशुहरुलाई नखुवाउने, भाइटाभ्याक्स वा थिराम २.५ ग्राम प्रति के.जी. बीउका दरले बीउ उपचार गर्ने जस्ता उपायहरू अबलम्बन गर्न सकिन्छ ।
मरुवारोग (Blast)
यो रोग पाइरिकुलेरिया सेटारी भन्ने ढुसीको कारणले लाग्दछ । यस रोगले कागुनोका पातहरुमा अत्याधिक क्षति गर्छ । पातमा आँखा वा डुङ्गा आकारका दाग उत्पन्न हुन्छन् । दागको किनारा पहेंलो र मध्य भाग खरानी रङ्गको हुन्छ । यो रोग बालीको सुरू अवस्थादेखि नै लाग्न थाल्छ । रोग अवरोधक जातहरू तथा स्वस्थ बीउमात्र रोप्ने, बीउ रोप्नुपूर्व क्याप्टान/कार्बेन्डाजिम २.५ ग्राम/के.जी. बीउका दरले उपचार गरेर मात्र बीउ रोप्ने, खेतमा रोपिसकेपछि रोगको आक्रमण भएमा ढुसीनाशक विषादी १५ दिनको फरकमा एक दुई पटक छर्ने, रोगग्रस्त बालीबाट बीउ नलिने जस्ता उपायहरू अपनाउन सके यो रोगबाट बच्न सकिन्छ ।
गबारो कीरा (Stem borer)
कोदो बालीको तुलनामा कागुनो बालीमा कीराको प्रकोप कमै हुन्छ । यसमा पनि गुलाबी गबारो र धर्के गवारोले बाला निकाल्ने समयमा दुख दिन सक्छ । लाभ्रेले डाँठलाई छेडी भित्र पसी गुवोलाई खान्छ । बालीको वृद्धि अवस्थामा आक्रमण भएमा बालीको वृद्धि रोकिन्छ वा गाँज कम निस्कन्छ भने बालीको पछिल्लो अवस्थामा आक्रमण भएमा सेतो बाला (White head) निस्कन्छ र बाला सुक्छ । कीराको आक्रमण थोरै मात्र विरुवामा भए गुभो मरेका बिरुवाहरू उखेलेर नष्ट गर्ने, राम्रोसँग गोडमेल वा बारीको सरसफाई गर्ने, कीराको प्रकोप धेरै भएको खण्डमा नयाँ विषादी फर्टेरा (०.४% दानेदार) ३०-४० के.जी. सक्रिय पदार्थ प्रति हेक्टरका दरले माटोमा प्रयोग गरेमागभारो कीराको व्यवस्थापन गर्न सकिन्छ ।
पतेरो कीरा (Bug)
कागुनोको बालामा दुध भरिने समयमा पतेरो कीराले आक्रमण गर्ने सम्भावना हुन्छ । पतेरोले आक्रमण गरेका बालाका दानाहरूमा खैरो दाग देखिने, दानाहरू फोस्रा हुने अथवा आधा फोस्रिएको हुने गर्दछ । यसको व्यवस्थापनको निम्ति प्रकाशको पासोको माध्यमबाट वयस्क कीरालाई मार्ने, खेतबारी भित्र तथा वरिपरिको झारपात गोडमेल गरी पतेरोको वैकल्पिक आश्रयस्थललाई नष्ट गर्ने, डर्टी ट्रयापको प्रयोग गर्ने, जसको लागि गाईभैंसीको ताजा पिसाबमा कपडा वा जुटको बोरालाई भिजाएर एउटा घोचोको एक छेउमा बाँध्ने र उक्त घोचोलाई बारीको बिचमा लगेर गाड्ने, ट्रयापमा आकर्षित भएका पतेरोहरूलाई बाहिरबाट प्लास्टिकको झोलाले छोपी संकलन गरी मार्ने जस्ता उपायहरू अवलम्बन गर्न सकिन्छ ।